Nejstarší písemné zprávy o existenci Skryjí pochází z první poloviny 13. století, kdy ves patřila benediktinskému klášteru v Kladrubech. Později ale lokalita přešla do světských rukou. Noví majitelé pocházeli z řad nižší šlech ty a vlastnili zpravidla jen část vsi. Roku 1375 se tak o Skryje dělili bratři Jaroslav, Oldřich a Zbyněk. Na počátku 15. století jsou jako majitelé zmiňováni Petr ze Skryjí, Jan Stebňák a Mikuláš z Husi se synovci Sezemou a Janem. Největší pozornost si bezesporu zaslouží Mikuláš z Husi. Jeho postava je nerozlučně spjata s husitskou revolucí, ve které se Mikuláš stal jedním z představitelů radikálního křídla kališníků.V této souvislosti existuje teorie, podle které chtěl Mikuláš vybudovat ze Skryjí západočeskou obdobu Tábora. Ve skutečnosti však zůstávala ves i nadále rozdělena mezi několik vlastníků. Roku 1430 to byli Jan Bobovský z Říčan a Jan Šrák ze Skryj. Vdova po Janu Šrákovi prodala roku 1437 svůj díl Skryjí Janu a Jindřichovi z Kralovic. Druhou část vsi odkoupili roku 1453 od sestry Jana Bobovského Borňové ze Slabec. Krátce poté získali obě části Skryjí páni z Ensidle, kteří ves připojili ke svému týřovskému panství. Týřovští z Ensidle pak vlastnili Skryje až do počátku 17, století. Roku 1601 je vyměnili s Rudolfem II. za jiné vesnice, a Skryje se tím dostaly pod pravomoc Křivoklátu. Součástí křivoklátského panství zůstaly Skryje až do zrušení vrchnostenského systému.